Glavni stab IFOR-a je, medutim, vec bio zadao udarac neposrednoj izlozenosti islamistickoj teroristickoj pretnji u Bosni i Hercegovini. 15. februara 1996., francuske snage IFOR-a su upale i osvojile jednu islamisticku teroristicku bazu za obuku zapadno od Sarajeva, uhapsivsi 11 terorista. Objekat za obuku je bio smesten u nekadasnjoj skijaskoj kolibi udaljenoj oko 24 km zapadno od Sarajeva i oko 10 km juzno od Fojnice. Ta koliba je deo sastava Handzar divizije. Bosanski vladini izvori su saopstili Rojteru da je "to mesto bila obavestajna skola u postupku zatvaranja".

Medu uhapsenima su bili tri iranska instruktora i osam bosanskih obavestajnih oficira: sestorica Bosanaca su bili rodeni bosanski muslimani, ali izvorna nacionalnost preostale dvojice nije bila jasna. Oni su vise licili na Avganistance ili Pakistance koji su primili bosansko drzavljanstvo. Sva osmorica su sluzila kao oficiri i obavestajni operativci ministarstva unutrasnjih poslova bosanske drzave. IFOR se domogao njihovih poverljivih oznaka za otpremu, ukljucujuci adrese kancelarija drzavne bezbednosti u kojima su bili zaposleni. Trojica Iranaca su bile staresine za obuku terorista. Izetbegovic je rekao reporterima da je saznao da ova trojica imaju diplomatski status.

Teroristicka skola se sastojala od ucionica i jedne prostrane oruzarnice. Na zidovima i klupama su bile slike Izetbegovica i iranskog pokojnog Ajatolaha Homeinija. Arsenal je sadrzao eksploziv i sezdeset oruzja: pistolja, snajperskih puski, raketnih i granatnih lansera, kao i jurisne puske i velike kolicine umunicije. Mnogo je znacajnija bila zaplenjena diverzantska oprema, ukljucujuci rucne bombe, detonatore, upaljace i velike kolicine snaznih eksploziva. Medu otkrivenim sistemima su bile bombe ugradene u decje plasticne igrackice, ukljucujuci automobil, helikopter i jedan kornet za sladoled, kao i boca za sampon napunjena eksplozivom i drugi minirani predmeti. Jedan crveni plasticni auto-igracka napunjen eksplozivom bio je vec opremljen detonatorom s radio-okidacem spremnim za neposrednu upotrebu.

IFOR je zaplenio i prilicnu kolicinu instrukcionog matrijala, veci deo toga u Farsi. Jedna od ucionica je koriscena za obuku spijuna, a oprema tu pronadena ukljucivala je i izdubljene igracke i pera za oznacavanje tajnih poruka "kapljicama" a srodni instrukcioni materijali su obuhvatali i studentske ispitne radove. IFOR je takode pronasao i detaljne kartonske makete kuca i mnostvo gradevina koje su koriscene za aktivnu pripremu za teroristicke operacije.

IFOR je zaplenio i fasciklu s naslovom "specijalni operativni projekt za otmicu srpskog oficira za vezu u tehnickoj zgradi PTT-a". Bio je to veoma profesionalni ciljni dosije, sa vise od trideset fotografija i detaljnim skicama zgrade i opsiran, rukom pisan operativni plan. Zgrada PTT-a u Sarajevu je koriscena kao glavni stab NATO-a. Samo je upad u fojnicku skolu sprecio pokusaj da se ova operacija izvede.

Otkrivena islamisticka baza za obuku terorista u Fojnici samo je jedna od takvih instalacija koje deluju pod zastitom sarajevske vlade. Zaista, 17. februara 1996., reagujuci na francusko osvajanje teroristicke baze, Izetbegovic je branio cin svoje vlade na bosanskoj televiziji: "Mi imamo jos takvih logora u Bosni i Hercegovini, gde obucavamo ljude da love ratne zlocince. Nastavicemo s takvom aktivnoscu", izjavio je.

Zbog krajnje politickog profila fojnicke operacije i pritiska iz Vasingtona koji je usledio, kasnije antiteroristicke operacije koje su obavljali evropski delovi IFOR-a su izvodili gotovo potajno. Prema italijanskim izvorima, oko 20-21. februara, evropske NATO snage su bez buke otkrile i "neutralisale" jos jednu teroristicku bazu u sirem podrucju Sarajeva. U ovoj bazi su takode bili zaposleni iranski instruktori a zaplenjena dokumentacija je ukazivala na aktivne pripreme za teroristicke napade protiv IFOR-a.

Oko 21. marta, francuske specijalne snage s IFOR-om su upale u glavni stab 4. korpusa, narocito u bazu 4. muslimanske oslobodilacke brigade kraj Konjica, u potrazi za mudzahedinima. Zapovednik 4. korpusa je opisao upad IFOR-a kao "varvarski". Vojna obavestajna sluzba bosanskih muslimana je bila najvise zabrinuta zbog toga sto su Francuzi pokupili fotografije vojnika i licna dosijea. Francuski oficir je rekao da su rezultati bili "neuverljivi" zato sto nisu mogli da zadrze osumnjicene osobe radi dalje istrage. Francuzi su bili posebno uznemireni zbog "10 ljudi koje su otkrili u kuci" u sastavu 4. muslimanske oslobodilacke brigade.

Tih nekoliko poharanih teroristickih baza, uglavnom sa zalosnim rezultatima, bile su delic islamisticke teroristicke infrastrukture koja je bujala u Bosni i Hercegovini za koju se znalo da ce se ukljuciti u aktivne pripreme za operacije cim se vreme poboljsa.