Sarajevske vlasti su, krajem 1995., hitro preradile islamisticku infrastrukturu da bi se uhvatile u kostac sa posebnim uslovima proizaslim iz prisustva IFOR-a. Ipak, te promene su bile u sustini kozmeticke prirode, preradujuci islamisticku infrastrukturu da bi se prekrilo njeno prisustvo u Bosni i pojacale njene pripreme za teroristicke operacije prvenstveno protiv IFOR-a.

Kao deo toga, 3. armijski korpus je sluzbeno bio "raspusten" pocetkom januara 1996., a onda preobrazen u jedinicu za obuku gde su nekadasnji mudzahedini koji su postali bosanski drzavljani obucavali bosanske muslimanske vojnike. Prva skupina od 1.000 bosanskih muslimana pocela je sa obukom jos u novembru 1995. da bi posluzila kao zamena za mudzahedine prebacene u druge jedinice sirom zemlje. Uz to je arapski komandant korpusa - Abu-Mali - bio zamenjen brigadnim generalom Sakibom Mahmuljinom, bosanskim islamistom. Gde se tacno nalazi Abu-Mali nije poznato.

Tokom zime 1995-96., Armija bosanskih muslimana je zapocela glavni program za prikrivanje mudzahedina u svojim redovima. Najveci broj mudzahedina sa vojnim iskustvom - uglavnom Pakistanaca, Avganistanaca i Iranaca - bilo je integrisano u bosansku armiju, a onda rastureno sirom citave armije. Radikalnim islamistima, od kojih su vecinu cinili Arapi, bilo je dopusteno da deluju u vlastitim grupama, bilo unutar vecih jedinica ili u ne-vojnim entitetima.

Krajem januara 1996., hrvatski i bosansko-hrvatski cinovnici sluzbe bezbednosti bili su zabrinuti zbog stalnog prisustva mudzahedina i drugih islamistickih elemenata u bosanskoj armiji, narocito s obzirom na njihov rastuci uticaj. Sef generalstaba HVO (hrvatska vojska) general Zivko Budimir, na primer, istakao je da mnostvo islamistickih dobrovoljaca "jos uvek nije napustilo" Bosnu i Hercegovinu iako su kljucne jedinice mudzahedina bile "raspustene". Hrvatski zvanicnici su poceli da upozoravaju na uzasna granjanja u regionalnim strateskim polozajima ako Sjedinjene Drzave krenu sa svojim najavljenim planovima da naoruzaju i obuce tu bosansku armiju. Dalmatinski zvanicnik je objavio da su "mudzahedini" (sic.) "rastureni u male grupe... naoruzane samo lakim oruzjem". Ipak, glavna komanda IFOR-a s kojom je on poslovao bila je uverena da ti mudzahedini "ne predstavljaju vojnu pretnju" za IFOR. Medutim, zapaza hrvatski zvanicnik, IFOR je sakrio obim sukoba izmedu britanskih vojnika IFOR-a i mudzahedina sredinom januara. Iznoseci taj pogresan izvestaj, hrvatski zvanicnici sluzbe bezbednosti se cude i brinu i za to da li je IFOR svestan istinske velicine islamisticke pretnje i zbog njegove nespremnosti da podeli podatke u vezi sa terorizmom sa Zagrebom i drugim saveznicima.

U feruaru 1996., kad je stalno prisustvo velikog broja mudzahedina postalo politicko "pitanje", Sarajevo je preuzelo dodatne korake da bolje prikrije njihovo prisustvo i operacije u Bosni i Hercegovini. Sredinom februara, sve vise "nekadasnjih" arapskih mudzahedina, narocito u elitnim jedinicama bosanske armije, postajali su "humanitarni radnici" u medunarodnim organizacijama akreditovanim u medunarodnim telima i podrzanim od strane Sarajeva. U ovoj novoj nadleznosti, oni su mogli da ostanu u svojim ranijim bazama i objektima, narocito u centralnoj Bosni. 20. februara, hrvatske vlasti zaduzene za bezbednost u Mostaru upozorile su da su "islamisticki teroristi, mudzahedini, koji su vec morali da napuste Bosnu i Hercegovinu u skladu sa dejtonskim sporazumom, jos uvek bili gde su bili".

Drugi ispitan i potvrden mehanizam da se legalizuje prisustvo mudzahedina - ozeniti ih Bosankama tako da dobiju bosansko drzavljanstvo - bio je izrazito rasiren. Hrvatski i bosansko-hrvatski zvanicnici sluzbe bezbednosti izvestili su da se od kraja 1995. "veliki broj mudzahedina ozenio u Bosni i time stekao sva potrebna dokumenta da ostane u Bosni".

Nejasno je koliki je broj mudzahedina iskoristio ovo sredstvo da ostane. Predsednik Izetbegovic insistira da je samo 50 do 60 mudzahedina, koji su svi ili otpusteni iz vojne sluzbe ili postali invalidi, ostali u Bosni i Hercegovini zato sto su vencali lokalne zene. I hrvatska i srpska obavestajna sluzba smatraju da se nekoliko hiljada mudzahedina ozenilo i ostalo. Uzevsi u obzir da je ukupno oko 40.000 islamista sluzilo u Bosni i Hercegovini od pocetka devedesetih godina, procenjen broj ozenjenih mudzahedina - nekoliko hiljada - moglo bi predstavljati oko 10-15% ukupno prisutnih islamista. Postoji samo jedan poznat nezavisan statisticki dokaz: onaj jedne od prvih libanskih islamistickih jedinica koje su organizovali Iranci i otpremili u Bosnu 1992. na dvogodisnje sluzenje. Od njih oko 300 mudzahedina, samo se nekih 200 vratilo u Liban, dok se oko 50 ozenilo i ostalo u Bosni i Hercegovini. Ostatak, takode, oko 50, bilo je ubijeno u akciji. To je stopa vencanja od oko 15-17%, neznatno vise od procene hrvatske i srpske obavestajne sluzbe.