Prve ozbiljnije korake u organizovanju obavestajne sluzbe citavog NOP-a na teritorijalnom principu, Vrhovni stab i vrhovni komandant NOV i POJ Josip Broz nacinio je, posle formiranja II odseka VS NOV i POJ maja meseca 1942. u Foci i posle usvajanja tajnih dokumenata o obavestajnoj mrezi, upravo na prostorima Slovenije, Hrvatske i Bosne. Tito je »Uputstvo za obavestajnu sluzbu« doneo u Bihacu 27. novembra 1942. godine. Obradu tog teksta vrsio je, opet ruski kadar, Fjodor Mahin, clan Kominterne i pukovnik sovjetske vojske, koji je posle rata postao i general JA. Tito je to naredjenje prosledio GS Slovenije istog dana, a u GS Hrvatske i GS Bosne i Hercegovine istom naredbom, poslatom iz Bosanskog Petrovca, od 2. decembra 1942. godine. Ovom naredbom data je potpuna organizaciona struktura obavestajne teritorijalne sluzbe, koju cine glavni obavestajni centri pri glavnim stabovima Slovenije u Ljubljani, Hrvatske u Zagrebu i BiH u Bihacu. U GS NOV I POJ Hrvatske, odnosno Glavnom obavestajnom centru, bilo je pedeset rukovodilaca i 200 poverenika tajne sluzbe. Na tim poslovima radili su Vladimir Kurt, Ivan Krajacic, zvani Stevo ili Brko, Pero Dozet, Jure Naglic, Branko Ognjenovic, Petar Grubor, obavestajni oficiri Josip DJerdja, Karlo Mrazovic ­ Ortega, Brzi tj. Pavle Gregoric, Ranko Mitic, pa i ruski rezident Dalibor ­ Jaksa Maljcik, koji je bio posebno aktivan u Dalmaciji. Karlo Mrazovic je bio, na primer, tada zaduzen da po Slavoniji kontrolise kretanje cetnika i nedicevaca. Pokrajinski obavestajni centar u Slavoniji vodili su Ranko Zec, DJuka Matosic, Ivo Pekar ­ Posavac i Ivan Miskovic ­ Brk. Sam Krajacic je jednom priznao da je, po nalogu CK KPJ, preuzeo da vodi ilegalnu vojnu obavestajnu sluzbu u Zagrebu. Njegovi saradnici bili su i mnogi ugledni oficiri NDH. Franjo Pirc je bio nacelnik Staba komande NDH, Matija Petrovic zrakoplovni bojnik, Srecko Brana, ustaski satnik, Ivan Cvencek, komandant aerodroma Borongaj, Ljudevit Gerl, domobranski satnik, Ivan Knezevic, domobranski bojnik, Nikola Obuljan, pukovnik VZ NDH, Vlado Galic, komandant Paveliceve tjelesne garde i komandant grada Zagreba, Frane Biocic, bojnik, Nenad Stefanovic, zamenik Operativnog odeljenja GS NDH, Miha Marki, mornaricki oficir, Demetar Varda, potporucnik, profesorka Anita Drobnic, Joze Kropar, Ljudevit Sinko, Franjo Balon, Emilio Zezelic, Zvonimir Hecimovic, Josip Horvat. Vecinu njih Krajacic je kasnije preveo u partizane, a posle rata im dao boracke penzije. Sam Tito nije bio posebno impresioniran radom komunisticke agenture u Zagrebu, ali jeste onom u Splitu, o cemu je licno izvestio Moskvu.

Kako je u kom delu Jugoslavije rastao narodni i partizanski otpor, tako su tokom 1943. godine, organizovani pomocni obavestajni centri za zone i regione Gorenjsku, Notrenjsku, Dolenjsku, Stajersku, Korusku i samu Ljubljanu, zatim za Primorje i Istru, Gorski Kotar, Liku, Kordun, Baniju, Slavoniju, Gornju Hrvatsku, Dalmaciju i grad Zagreb. U tim centrima radilo je po tridesetak partizanskih rukovodilaca i stotinak obavestajnih operativaca. Na teritoriji Slavonije, obavestajni oficiri su bili, na primer, Rade Pavlovic ­ Stric i Jakob Fijan ­ Druzica. U glavnom gradu Hrvatske, obavestajna mreza je organizovana po sistemu trojki, cija su imena bila obavezno sifrovana. Zena Kalodjera je, na primer, koristila sifru »K 28 A«. CK KPH je u Zagrebu organizovao i spijunski kurs, u trajanju od pet dana, na kome su se razradjivali zadaci obavestajne sluzbe u ratu, rad poverenika, uloga Gestapoa, Intelidzens servisa, petokolonasa u zemlji, vrsenje istrage i vojno-informativni poslovi. Kurs je pohadjalo jedanaest drugova i jedna drugarica, zapisano je u partijskom izvestaju. Iz Like, koja je imala najace obavestajne centre, kursisti su bili Dane Babic iz Medka, Stevo Cvijanovic iz Udbine, Dusan Cvetkovic iz Gracaca, Milan Miric iz Krbavice, Dane Balenovic iz Perusica i Dane Obradovic iz Donjeg Lapca. Iz Primorja su stigli Toma Strzic iz Bribira i Ludvig Hreljec iz Crikvenice, dok je Mica Vuksanovic bila predstavnik AFZ iz Zagreba. Kasnije su osnovani u Sloveniji, Hrvatskoj i BiH obavestajni centri za sektore, sa obavestajnim organima i oficirima i po dvadesetak poverenika u opstinama i selima. Istovremeno u operativnim jedinicama, Tito je predvideo formiranje korpuskih, divizijskih, brigadnih i bataljonskih obavestajnih centara, umesto ranijih odseka, sa poverenicima u odredima. Svaki od ovih centara imao je dva sektora delovanja: Sekcija za obavestavanje i Sekcija za kontraspijunazu. Prva je prikupljala podatke o neprijatelju, a druga je vodila odbranu od neprijateljskih spijuna. U Glini je, na primer, krajem godine otkrivena Olga Gregoric, sluzbenica kotarske oblasti, koja je kao simpatizer NOP-a radila za ustaskog ministra Zanica, dok je na Baniji otkriven i drugi ustaski spijun DJuro DJukic. Naredne godine tu su otkriveni i agenti Marija Horvat i Katica Dugac. One su bile obucavane za spijunazu u Zagrebu, Petrinji i Berlinu i ubacene u partizanske redove na prostoru Slavonije, zajedno sa jos tridesetak zena-agenata. Na teritoriji Moslavine otkriveno je jos trideset, u Karlovcu dvadeset, a u okolini Varazdina, takodje, jos dvadeset zenskih spijuna. Koliko je partizanska tajna sluzba u Hrvatskoj bila jaka i sposobna, vidi se iz dokumenata staba 717. pesadijske nemacke divizije:

»... Zaplenjena dokumenta potvrdjuju dobar rad neprijateljske obavestajne sluzbe. Snage i pravci nastupanja nemackih jedinica tacno identifikovani, zbog cega je doslo do jakih neprijateljskih koncentracija i pokreta na odseku 737. grenadirskog puka ...«

Internim naredbama i odlukama, glavni stabovi NOV, u Sloveniji, Hrvatskoj, BiH, zatim sredinom i krajem 1943. godine vrhovne komande i u Crnoj Gori, Vojvodini i Sandzaku, osigurali su izvrsenje Titovog naredjenja na terenu i u samoj partizanskoj vojsci, pa, cak i u inostranstvu, jer je slovenacki VOS, na primer, otvorio svoje obavestajne punktove i u Rimu, Bolonji, Videmu, Veroni i Milanu. Te godine na tlu Hrvatske, maja meseca, stvorene su i prve oruzane formacije za borbu protiv »pete kolone«. Naredjenje je izdao GS NOV i POJ Hrvatske, odnosno Vladimir Bakaric i Ivo Rukavina. Oni su tu jedinicu i krstili kao »Ceta P. P. K.«. Stab I slavonskog korpusa formirao je po tom naredjenju, na primer, sedam grupa od po devet boraca, naoruzanih puskama, bombama i puskomitraljezom, za borbu protiv izdajnika, kolebljivih elemenata i dezertera. Slicne cete formirane su i pri slovenackom VOS-u, a zatim i u drugim oslobodjenim delovima Jugoslavije. Komandant Pavle Pekic se dobro seca tog vremena:

»... Odmah posle III ofanzive, jun-jul 1942. godine, Vrhovni stab je bio u Foci. Tada sam prvi put licno upoznao druga Marka i cuo da on rukovodi obavestajnim radom. U stabu je postojao Obavestajni odsek, vojno-sudski i istrazni odsek. A posle povlacenja iz Bihaca stvorena je i Komisija za suzbijanje pete kolone i terorizam. To je prvi put da se culo za neku posebnu sluzbu. Znam da je drug Marko dao neke osnovne direktive, da jedinice imaju sopstvenu obavestajnu sluzbu, odnosno u prvom redu kontraobavestajnu, radi prikupljanja podataka o spijunima, izdajnicima, provokatorima, pa i za likvidaciju najizrazitijih petokolonasa, cetnickih i ustaskih vodja. On je formirao jedan punkt, a kod Kalinovika jednu grupu, i jednu u Foci i jos jednu u Crnoj Gori. Posle pete ofanzive u Jajcu smo raspravljali u Stabu o reorganizaciji Komisije protiv pete kolone. Seta Marsal i u jednom trenutku kaze: ­ Kako to da nazovemo, neka bude Odsek za zastitu naroda! E, sad njemu treba neka oruzana snaga, neka bude ceta Narodna odbrana! Drug Marko je uzeo iz partijske skole u Jajcu Trivica, Sinkaru, Boska Baskota, Sehu, a za komandanta cete Duska Simica. Pri Vrhovnom stabu je formiran odsek i cetiri opunomocstva ­ za teritoriju komandi podrucja: banjalucko, bihacko, drvarsko i jajacko. Tu su bili uz stab Mijat Vuletic, Marko Katunic, Slavko Odic, Jefto Sasic, Mico Medic... Odsek za zastitu naroda, osnovan pri VS NOV i POJ imao je svoja opunomocstva u Bosni, delu Hrvatske i Sremu...«

Preko dva meseca, u Uzickoj republici 1941. godine, koja je povezivala podrucja pet okruga, delovali su narodnooslobodilacki odbori. Vrhovni stab NOPOJ je tada, na tom prostoru organizovao 1941. godine, sluzbu bezbednosti koja je nazvana Komisija za borbu protiv pete kolone. Njen posao je bio otkrivanje agenata okupatora i petokolonasa, vodjenje istrage protiv osumnjicenih spijuna i izdajnika i obavljanje policijskih duznosti. U samom Uzicu, ovu prvu tajnu policiju u Srbiji vodio je upravo Slobodan Penezic Krcun. Licno je hvatao spijune i saradnike okupatora: »Drug Rankovic mi je u tome pomagao, hapsili smo i kaznjavali najokorelije petokolonase!« i sudio im kako kad, nekad metkom, nekad olovkom. Nemacki agenti su, za Slobodana Penezica, cak dojavili Gestapou u Beograd, da je rodjak Mose Pijade. Njegov pomocnik Novak Zivkovic imao je zaduzenje da nadgleda cetnike u Pozegi, dok je Milan ­ Bajo Jankovic bio na celu komisije u Cacku. U to vreme, novembra 1941. partizani su jos bili u slozi sa cetnicima, pa je i rukovodjenje ovom tajnom sluzbom bilo zajednicko. Tada je Krcun prvi put video Tita, koga je instinktivno osetio kao velikog coveka. Jednom prilikom je zapisao: »... Ja znam sta je mene nosilo, a znam da su i oni koji su verovali u mene, kroz mene verovali u Tita!« Tu su jos bili i Venijamin Marinkovic, Slobodan Jankovic, Milivoje Nikitovic ­ Furtula, Peko Tanovic, Radomir Dabic, Ljuba Nikolic i Misa Glisic. Cacani su imali i specijalno poterno odeljenje, u kome su bili Milomir Vasilic ­ Ivo, Gojko Vujovic, Dragoslav Pavic, Milivoje Jovanovic, Mile Pavlovic, Milenko Jovanovic ­ Popaj, Milos Vasovic, Zivorad Davidovic. U svojim memoarima o tim uzickim danima Milovan DJilas je zapisao:

»... U jednom trenutku nasao sam se sa Mitrom u vojnom sudu, u sobi za saslusavanje, Rankovic je imao nekog drugog posla, pa me je zamolio da zavrsim saslusanje jednog zatvorenika. Verujem da se zvao Pavlovic, drzao je u Parizu partijsku knjizaru Horizonti i bio agent provokator kraljevske tajne policije. Zatvorske poslove je inace vodio Slobodan Penezic pod nadzorom Rankovica. Tako je pocela njihova veza i saradnja u tajnoj policiji...«

I kasnije, tokom zime 1941. kada je Vrhovni stab presao u Focu, po secanju Vladimira Dedijera, Krcun je obavljao specijalne zadatke u obezbedjenju Titove komande.

Citava ova obavestajna mreza glavnih stabova NOV i POJ bila je centralizovana i neposredno potcinjena Obavestajnom odseku Vrhovnog staba, koji je rukovodio i upravljao celokupnom obavestajnom sluzbom. Moto rada ove ofanzivne obavestajne sluzbe bio je sadrzan u kineskoj devizi da »... kad neprijatelj zna sta neprijatelj radi, neprijatelj ce lako pobediti neprijatelja!«. Kuda se kretao Vrhovni stab NOV i POJ sa Titom na celu, tamo je bilo i sediste drugog Obavestajnog odseka i njegove Komisije za borbu protiv spijuna i pete kolone, kojim je rukovodio Aleksandar Rankovic, clan vrhovne komande, poznatiji kao drug Marko. Pre rata je bio profesionalni partijski i sindikalni radnik. Rodjen je 1909. godine u Drazevcu kod Obrenovca. Zavrsio je abadzijski zanat i dao se u ilegalni komunisticki rad. Clan SKOJ-a postao je 1927. a KPJ 1928. godine. Vise puta je hapsen i osudjivan. Robijao je sest godina u Sremskoj Mitrovici i Lepoglavi. Bio je zatim biran za sekretara PK KPJ za Srbiju i za clana CK KPJ, odnosno Politbiroa CK KPJ. Jedan je od retkih kadrova Partije koji nije studirao i koji nije bio na politickom i obavestajnom doskolovavanju u Moskvi. Prvoborac, clan Vrhovnog staba NOV i POJ, general-lajtnant, a od 1942. organizacioni sekretar CK KPJ. Tito mu je poverio rukovodjenje obavestajnim poslovima, jer je u njega imao najvise poverenja, a mozda i zato sto Rankovic, jedini od funkcionera, nije bio kadar i agent Kominterne i sto nije imao zicu profesionalnog spijuna, koji su cesto spremni i da trguju svojim informacijama i svojim zivotom. Ta Marsalova odluka dugo je drzana u tajnosti tokom rata, sve dok drug Marko nije, maja 1944. imenovan za pomocnika Tita, kao ministar narodne odbrane i sef jugoslovenske politicke policije.

Titovim uputstvom iz 1942. godine, smatra Milovan Dzelebdzic, udaren je temelj stvaranju jedne savremene obavestajne organizacije, ali samo na jednom delu, tadasnje, ratom okupirane Jugoslavije. Obavestajci, narodni heroji, koji su poginuli tokom rata, bili su uglavnom sa tog podrucja. A to su Nedeljko Barnic ­ sa nadimkom Zarki, Muharem Bektesi, Mojca Birta ­ zvani Zec, Ernest Ejper, Elias Engel, Petar Grubor »Buzdovan«, Radisav Janicijevic, Gojko Kruska, Jovan Marinkovic ­ Ivo, Danko Mitrov, Vladimir Peric poznatiji kao Valter, Dusan Vujosevic, Zarko Vukovic zvani Pucar i Slavoljub Vuksanovic ­ Jajko. U Srbiji, na Kosmetu i u Makedoniji, naime, teritorijalna obavestajna sluzba nije stvarana, jer Glavni stabovi NOV i PO nisu dobili ovo marsalovo uputstvo. Na ovim prostorima, tvrdi dr Obren DJordjevic, delovali su samo obavestajni oficiri pri stabovima odreda i bataljona, a kasnije i pri komandama mesta i stabovima operativnih zona.

Pred ustanak i u ratu, nicala su po nalogu KPJ, po Srbiji pojedina (kontra)obavestajna uporista. Inzinjer Miladin Radulovic upucen je sa porucnikom Rodoljubom Neumovicem u Kosovsku Mitrovicu da stvaraju agenturu. U Valjevu je kontraobavestajno radio Ljubomir Petrovic ­ Mingeja. Njegovi saradnici su bili Milica Nozica, Nada Ilic, Jovica Patak, Misa Velickovic, Ljubisa Milosevic i Dragan Ristic. Oni su grad podelili u cetiri rejona i tako nadgledali sta se u njemu desava. Obavestajni centar u Arandjelovcu vodio je Dragomir Petrovic ­ Gema, a u Lazarevcu Dragutin Karakljajic ­ Muzikant. Ovaj prvi je na vezi drzao mnoge gradske cinovnike, tako da je fakticki kontrolisao citavu varos. U Kragujevcu je cak dvadesetak simpatizera KP Srbije radilo na prikupljanju vojnih i politickih informacija. Mnogi komunisti su bili ubaceni i skriveni u suprotnim taborima. Gojko Gosovic je bio u cetnickom javorskom korpusu, Milos Popovic ­ DJurin u cerskom, a Rade Jaksic u odredu Draze Mihailovica. Predrag Markovic postao je komandant Nedicevog Krajiskog odreda. Ta agenturna aktivnost, medjutim, sve do povratka Vrhovnog staba NOV i POJ 1944. godine u Srbiju, nije bila organizovana kao jedinstvena (kontra)obavestajna mreza, kakve su vec postojale u Sloveniji i Hrvatskoj. Istorijski, dakle, gledano Slovenija 1941. i Hrvatska 1942. godine, bile su kolevka radjanja i razvoja jugoslovenske politicke policije i (kontra)obavestajne sluzbe. To ujedno i znaci da sve do 1944. godine, Aleksandar Rankovic i nije fakticki mogao da bude glavnokomandujuci ilegalnim komunistickim, a zatim partizanskim (kontra)obavestajnim sluzbama na teritoriji Jugoslavije. Glavni obavestajci i politicari bili su tada sam Tito, Kardelj, Bakaric, Krajacic i Kopinic.